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农作物论文_药用植物紫红獐牙菜的转录组信息

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文章摘要:紫红獐牙菜是重要的民族药，本研究采用高通量测序技术对紫红獐牙菜进行转录组测序并分析。结果显示，完成的15个样品的转录组测序，获得112.17 Gb洁净数据，各样品洁净数据均达到6.18 Gb，Q30碱基百分比在94.96%及以上。组装后共获得47 106条Unigene，其中长度在1 kb以上的Unigene有18 971条。通过与KEGG、GO、KOG、COG等多个数据库进行比对，对Unigene进行功能注释，共获得35 375条Unigene。GO数据库中注释到的26 570条Unigene，可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类共44个亚类。以KEGG数据库为参考，21 321条基因被注释，参与的代谢通路分为5大类，分别是细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统，其中与代谢相关的通路最多，约占所用通路的72.5%；KEGG代谢通路分析发现紫红獐牙菜中1 147条Unigene参与到22个次生代谢标准通路中，有77条Unigene参与编码环烯醚萜苷类合成通路中的25个关键酶。此外，紫红獐牙菜转录组中找到9 027个SSR重复位点，6种SSR重复类型，最多的为双碱基重复占66%，最少的为六碱基重复，占0.1%。本研究结果填补了紫红獐牙菜的转录组数据空白，为该植物合理利用与品质调控奠定一定的基础。

文章关键词:紫红獐牙菜(Swertia purpurea),转录组,基因注释,次生代谢,

项目基金:国家自然科学基金项目(81660634),

论文作者:张婷^1,2 周旭红³

作者单位:1. 云南中医药大学中药学院 3. 云南中医药大学科研实验中心

论文分类号: S567.219

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文章来源：《植物研究》网址: http://www.zwyjzz.cn/qikandaodu/2021/0907/1806.html